Enredo
Primeira fase
Malhação aborda os conflitos cotidianos de alunos do colégio Múltipla Escolha, onde localizava-se a academia de mesmo nome da trama. Com o dinheiro conseguido em aplicações financeiras bem sucedidas, Mocotó compra uma parte do terreiro onde ficava academia Malhação e vendeu sua cota para o professor Paulo Pasqualete. Pasqualete – junto com seu velho amigo Santos e sua filha Isabel Pasqualete – ergue dos escombros da academia uma das filiais do conceituado e premiado colégio Múltipla Escolha, onde adolescentes da classe média alta carioca – divididos em salas do primeiro, segundo e terceiro ano do Ensino Médio – estudam e convivem em seus assuntos diários. Isabela é a diretora do colégio ao lado de Vitor, que também é coordenador da escola. Em frente ao colégio, localizava-se as salas de musculação e alongamento da academia Malhação, onde, depois de muitas reformas, é montado o bar de culinária mexicana Guacamole, que se torna um dos principais pontos da obra. Tatiana – apelidada de Tati -, recém-chegada à uma nova cidade, encontra sua amiga de infância Érica, que faz mistério sobre o novo namorado.
No primeiro dia de aula, Tati chega atrasa e encontra Rodrigo – apelidado de Rô -, rapaz de dezoito anos e integrante do time de polo aquático do Múltipla Escolha. Durante os intervalos das aulas, Tati descobre que o rapaz que Érica estava namorando era Rodrigo, e acaba tendo uma decepção amorosa. Na família de Tatiana, formada por seus pais Rubem e Cláudia, seu irmão mais novo Marcos – apelidado de Marquinhos – e a empregada Maria Maravilha – considerada uma tia para Tati e Marquinhos -, há uma crise extraconjugal: o casamento de Rubem e Cláudia está a ponto de partir-se. Tati se mostra preocupada com a situação, contudo, Marquinhos não demonstra atenção na família, já que está interessado na novata Marina, irmã mais nova de Mocotó. Tati acaba tendo de conciliar seus problemas familiares e amorosos durante a primeira fase do folhetim.
Segunda fase
Na segunda fase da trama, Tati acaba se interessando por Alfredo – mais conhecido por Touro -, que cursa pela segunda o terceiro ano e é o capitão do time de polo aquático do Múltipla Escolha. No entanto, Tati se interessa em Touro apenas para se livrar de suas decepções amorosas e familiares. Touro, por sua vez, inicia seu namoro com Tatiana apenas para esquecer Érica, que não correspondeu às suas propostas de namoro. Marquinhos acaba namorando Marina, que vira sócia do Guacamole, junto com sua amiga Eduarda – apelidada de Duda -, amiga de todos os alunos do colégio. Contudo, a relação entre Marquinhos e Marinha acaba sendo conturbada por causa de Bernardo (mais conhecido como Perereca), que constantemente propõe a Marina para passar uma noite com ele. O começo da relação entre Marquinhos e Marina não era tão séria, e o rapaz fazia questão de admitir que era uma “brincadeira”. Porém, a moça acaba engravidando e Marquinhos constrói uma família, formada por ele, Marina e seu filho, Pedro (apelidado de Pedrinho).
Perto de terminar a segunda fase da telenovela, Tati termina seu relacionamento com Touro e acaba beijando Rodrigo durante um encontro inicialmente marcado com Érica, que não aparece. Em uma visita na casa de Érica, Tati revela à Érica que beijou Rodrigo. Érica, por sua vez, acaba sua amizade com Tati e diz a ela que fará de tudo para separá-la de Rodrigo. O ponto central da trama se inicia nesta fase, com Tati e Rodrigo formando o casal protagonista. Paralelamente, Heloísa – mais conhecida como Helô – começa a namorar com Sávio, filho do inspetor do colégio. Helô e Sávio acabam enfrentando o preconceito pela maioria dos alunos do colégio, devido ao fato de Helô ser uma moça rica e branca, enquanto Sávio era um rapaz pobre e negro.
Última fase
Na terceira e última fase do folhetim, Érica tenta separar Tati e Rodrigo de diversas maneiras: inventando falsas declarações, entrando nas conversas entre os dois, espalhando falsas notícias para o colégio, e muitas outras. Depois de várias tentativas frustrantes de separar o casal, Érica acaba se interessando por Touro e inicia um longo relacionamento com o rapaz. No entanto, Érica, aconselhada por amigos e por Touro, decide fazer exames toxicológicos e exames de sangue, onde é diagnosticada com a Síndrome da imunodeficiência adquirida (AIDS), e tem de enfrentar o preconceito por grande parte do colégio por ser soropositiva. Érica acaba rejeitando os conselhos de Tatiana por pensar que ela seria preconceituosa com pessoas soropositivas. Contudo, Érica percebe que Tatiana é a sua amiga mais pura e verdadeira, e retoma sua amizade com Tati.
Marquinhos e Marina se casam e descobrem que Pedrinho irá nascer com sete meses, o que realmente aconteceu. Devido ao bebê nascer prematuro, o casal sofre preconceito por suas famílias, que os expulsam de casa. Ambos constroem uma casa perto ao bar Guacamole e vivem felizes para sempre. Na família de Tati, seus pais Rubem e Cláudia falecem durante uma viagem de avião. Tati acaba morando no apartamento que Rodrigo divide com Touro. Os dois casais acabam vivendo no apartamento. Isa, filha de Pasqualete, decide voltar à sua cidade natal e deixa o colégio na direção de Vitor e Pasqualete, que conviveu o ano inteiro sendo chacota dos alunos devido ao usar uma peruca para cobrir sua vergonhosa careca. O time de polo aquático do colégio, comandado pelo professor de educação física Gustavo – apelidado de Guto -, vence o campeonato anual esportivo intercolegial, disputado entre outras escolas.
A temporada foi a primeira a ter o colégio Múltipla Escolha como espaço central, além de ser a primeira a retratar as moradias de alguns personagens, como Tati, Érica, Marina e Rodrigo. Essa temporada foi a primeira que teve a música “Vou Te Levar” de Charlie Brown Jr como abertura.
Dexaketo 